Universitas Kristen Duta Wacana yang dibentuk pada tanggal 31 Oktober 1985, merupakan pengembangan dari Sekolah Tinggi Theologia Duta Wacana yang telah berdiri sejak 31 Oktober 1962. UKDW dikelola oleh Yayasan Perguruan Tinggi Duta Wacana sebagai perwakilan dari 12 sinode gereja pendukung yakni :
- Sinode Gereja Kristen Jawa (GKJ)
- Sinode Gereja Kristen Indonesia Jawa Tengah (GKI Jateng)
- Sinode Gereja Kristen Indonesia Jawa Timur (GKI Jatim)
- Majelis Agung Greja Kristen Jawi Wetan (GKJW)
- Gereja Injili di Tanah Jawa (GITJ)
- Gereja Kristen Sumba (GKS)
- Sinode Gereja Kristen Indonesia Jawa Barat (GKI Jabar)
- Sinode Persatuan Gereja-gereja Kristen Muria Indonesia (GKMI)
- Sinode Gereja Kristen Pasundan (GKP)
- Sinode Gereja Kristen Protestan di Bali (GKPB)
- Sinode Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat (GPIB)
- Sinode Gereja Kristen Sumatera Bagian Selatan (GKSBS)