Pendidikan Teologi di Yogyakarta diawali dengan pendirian ‘Keucheniusschool Tweede Afdeeling’ pada tahun 1906. Pendidikan Teologi ini kemudian berkembang menjadi Akademi Theologia Jogjakarta (ATJ) pada tahun 1956. Akademi Theologia Jogjakarta kemudian bergabung dengan Sekolah Theologia Bale Wiyata Malang untuk membentuk Sekolah Tinggi Theologia Duta Wacana pada tahun 1962. Pembentukan Sekolah Tinggi Theologia Duta Wacana merupakan jawaban bagi kebutuhan gereja-gereja untuk meningkatkan mutu pendidikan para pelayan jemaatnya. Pada tahun 1985 Sekolah Tinggi Theologia Duta Wacana berkembang menjadi Universitas Kristen Duta Wacana